Program Magister Geografi terdiri atas tiga minat studi dan satu studi minat khusus, antara lain:
- Minat Geografi Fisik (GEF)
- Minat Geografi Manusia (GEM)
- Minat Pengembangan Wilayah (PW)
- Minat Khusus Pengelolaan Pesisir dan DAS (MPPDAS) dilaksanakan menggungakan sistem perkuliahan blok